Die KI (Katalysator) wurde von den Schöpfern geschaffen (offenbar irgendwelche Tintenfische). Da die Citadel ein Teil von ihm ist, nehme ich mal an, dass die Station mit erbaut wurde. Vielleicht als eine Plattform um den Frieden zwischen organischen und synthetischen Wesen zu verhandeln oder als Plattform des Austausches. Die KI sollte einen Frieden erreichen, fand aber dass es keinen geben könnte, solange organische Wesen organisch bleiben. Er nutze also seine Macht (die ihm offenbar in großen Mengen zur Verfügung stand) und ließ seine Schöpfer gegen ihren Willen in Reaper umwandeln (er sagt ja, dass es gegen den Willen seiner Schöpfer geschah). Wahrscheinlich tat er das gleiche mit den synthetischen Wesen. "Wenn alle gleich sind, wird keiner mehr gegeneinander kämpfen" dachte sich die KI wohl. Offenbar konnte man ihn nicht stoppen, bis er alle zu dem Zeitpunkt existierenden Völker zu Reapern umgewandelt hatte. Allerdings meinte die KI wohl, dass es keinen Sinn macht Zivilisationen zu ernten, die noch zu jung sind, als schuf sie den Zyklus um regelmäßig seine "Friedensrasse" zu aktualisieren.
Das technische Potential der Citadel ist eine unabhängige Geschichte und ich nehme an, dass die KI keine Kontrolle über die Systeme der Citadel hat, sondern nur nach außen heraus handeln kann. Deswegen brauchte sie die Souvereign.
Es erklärt auch warum seine Lösung nicht mehr funktioniert. Mit der Fähigkeit den Tigel mit der Citadel zu verbinden, würden die Organischen mit der Zeit auch einen Weg finden ihn zu aktivieren. Erstmal waren die organischen in der Lage die synthetischen zu vernichten. Sein einfacher Weg funktioniert nicht länger.