Zu Beginn kämpft Altair gegen einige Templer. Darunter ist auch Maria, die Frau, die sich damals als Robert de Sable ausgegeben hat und deren Leben Altair verschont hat. Auch dieses Mal bringt er sie nicht um, sondern nimmt sie nur als Geisel, da er das geheime Templerarchiv finden will, welches die Templer auf Zypern haben.
Maria folgt ihm gezwungener Maßen. Als die Templer das bemerken, halten sie sie für eine Verräterin, da es seltsam ist, dass ihr Leben zwei Mal verschont wurde. Immer wieder versuchen die Templer Maria zu entführen, was Altair jedoch verhindern kann.
Als Altair nach Kyrenia weiterreist, wo er das Archiv vermutet, lässt er Maria in Limassol im dortigen Assassinenbüro zurück. Jetzt folgen eher unwichtige Ereignisse, Altair tötet die Männer, welche die Stadt tyrannisieren und kehrt schließlich wieder zurück nach Limassol, wo ihm gesagt wird, dass Maria die Flucht gelungen ist. Diese hat inzwischen die wahren Absichten der Templer (Nämlich über die Menschen zu herrschen, nicht ihnen zu helfen.) erkannt und diesen abgeschworen.
Nach einigem Hin und Her findet Altair Maria wieder und diese zeigt ihm daraufhin das Templerarchiv, welches die gesamte Zeit lang in Limassol verborgen war. Allerdings wurde der gesamte Inhalt bereits weg geschafft, indem die Templer selbst falsche Gerüchte schürten und Altair so nach Kyrenia lockten, um sich Zeit zu verschaffen.
In der Endsequenz Altair Maria, ob sie jetzt nach England zurückkehren wolle, aber sie entgegnet, dass sie bereits zu lange von zuhause fort wäre. Lieber wolle sie in den Osten reisen, vielleicht nach Indien. erzählt Altair Maria von seinem größten Wunsch: Die Geheimnisse des Universums zu entschlüsseln und zu verstehen. Maria meint daraufhin, dass dies ein hohes Ziel für ein einziges Leben wäre. Altair meint, dass dies reichen könnte. Auf die Frage, wo er mit seiner Suche anfangen will, antwortet er: Im Osten.
Also sind er und Maria zusammen weitergereist. Eine Liebesbeziehung geht aus dem Spiel nicht wirklich hervor, dafür muss man wohl Teil 2 gespielt haben.