Was mich stutzig macht, ist, dass es anscheinend möglich ist, die Mods in "Spieledateien" zu aktivieren. Das deutet darauf hin, dass zumindest die .esp korrekt im Data-Verzeichnis sind - und der Rest ist dann vermutlich auch richtig installiert.
Für mich riecht das ein bisschen nach Konflikten der beiden genannten Mods mit anderen Mods. Du kannst das mit dem Mod Conflict Detector oder dem Oblivion Mod Manager (vermutlich auch mit Wrye Bash) analysieren. Die Utilities sind alle irgendwo in den Neuen Welten beschrieben (zumindest die ersten beiden).
Sonst würde ich dir raten, Oblivion neu zu installieren und dann NUR die beiden Mods, mit denen du Probleme hattest, dazuzuspielen (noch besser: beginne mit einem, schau nach, ob es geht, und nimm dann erst den anderen). Installiere auch keine Patches oder sonst etwas und ändere nichts an den Defaulteinstellungen. Nur die Mods selbst musst du natürlich aktivieren.
Hast du dann immer noch Probleme?

PS: Ich nehme an, dass kein Handlingproblem dahintersteckt? Dh zB beim alternativen Anfang: Muss man da noch etwas im Spiel tun, zB eine spezielle Speicherung laden, oder landet man beim Neubeginn automatisch woanders? Ich kenne den Mod nicht.