Kampf um Wyatt
Zu einer handfesten Krise kam es wenige Tage vor dem Drehstart der sechsten Staffel, nachdem sich Alyssa Milano ihre vormals langen Haare ohne Rücksprache mit den Produzenten raspelkurz abschneiden ließ. Dies wurde dann letztlich dadurch entschärft, dass Phoebe in einer der ersten Szenen von ihrer Schwester mit den Worten „Oh, ein neuer Haarschnitt – gefällt mir ausgesprochen gut“ begrüßt wird. Ähnliches hat bereits Rose McGowan in der vorigen Staffel geschafft. Paiges damals neuen roten Haare wurden mit einem Unfall beim Mischen eines Zaubertranks erklärt.
Phoebe besitzt nun eine weitere Kraft. Sie kann als Empathin die Gefühle anderer Menschen reflektieren. Es kommt zu absurden Situationen, wenn Phoebe von den Gefühlen ihrer Schwestern überwältigt wird. Chris kann jedoch mit Hilfe eines Zaubertranks dafür sorgen, dass Piper und Paige gegen Phoebes Kraft immun werden. In einer Folge der dritten Staffel hatte auch Prue diese Fähigkeit durch einen Dämon erlangt und ist daran fast zugrunde gegangen.
Leo ist weiterhin meist bei den Mächtigen Drei auf der Erde, um Nachforschungen über seine Verbannung nach Walhalla anzustellen. Der neue Wächter des Lichts der Mächtigen Drei, Chris Perry Halliwell (Drew Fuller), erscheint auf den ersten Blick zwielichtig; ist er, was er vorgibt zu sein? Phoebe erkennt in einer Vision als erste, dass Chris Pipers zweiter Sohn ist, und als Chris offenbart, dass Leo sein Vater ist, tut sich das Problem der Zeugung auf, denn Leo und Piper sind ja kein Paar mehr. Außerdem gibt Chris zu, dass er nur aus der Zukunft zurückgekommen ist, um zu verhindern, dass Wyatt böse wird.
Phoebes Beziehung mit ihrem Chef bei der Zeitung, Jason Dean (Eric Dane), scheitert ebenso wie Paiges Beziehung mit dem Hexer Richard (Balthazar Getty) an der Magie.
Mitte der sechsten Staffel erscheint Gideon (Gildart Jackson) zum ersten Mal. Er ist ein Ältester und Leos Mentor. Gideon war einer der Befürworter der Hochzeit zwischen Leo und Piper. Dies bereut er jedoch bald, da er meint, dass Wyatt eine zu große Bedrohung für die Mächte des Guten sei. Des Weiteren ist Gideon der Leiter der Zauberschule. Er wird am Ende der sechsten Staffel von Leo vernichtet, als dieser erfährt, dass Gideon Wyatt umbringen will. Die Folgen seiner Taten reichen jedoch weit in die siebente Staffel hinein. Nachdem er seinen ersten Zug macht, um Wyatt zu töten, kommen Piper und Leo wieder zusammen – Chris wird in dieser Nacht gezeugt.
Ein weiterer wichtiger Charakter, der in der sechsten Staffel zum ersten Mal auftaucht, ist Detective Sheridan (Jenya Lano). Ihretwegen kam Darryl einem „dauerhaften“ Tod näher als jemals zuvor und trennt sich deswegen anschließend von den Mächtigen Drei. Um ihm das Leben zu retten, machen die Mächtigen Drei wieder einmal das Unmögliche möglich, was jedoch zur Folge hat, dass der Dämon Barbas wieder befreit wird.
Am Ende der sechsten Staffel kommt es nach mehreren traurigen und schmerzhaften Ereignissen doch noch zu einem Happy End. Chris kommt in dieser Doppelfolge, trotz Komplikationen bei Piper, gesund zur Welt. Doch der Chris aus der Zukunft stirbt durch Gideon. Barbas ist nach wie vor „auf freiem Fuß“.