Ich bin mir sehr sicher, dass der Unbekannte nicht indoktriniert ist. Er hat meines Erachtens in ME 2 keinerlei Anzeichen von Indoktrination gezeigt. Im Vergleich zu Saren reagiert er doch völlig normal,... zwar eiskalt und berechnend aber normal. Saren hingegen hat zum Ende ja starke Anzeichen von Wahnsinn gezeigt.
Man muß einfach mal betrachten welchen Antrieb der IM hat. Er ist absolut prohuman eingestellt,... sieht also die Menschheit als Herrscher der Galaxie und sich selbst sähe er gerne als Führer der Menschheit und somit sich selbst als großen Zampano.
Seine Besorgnis, die Menschen in ME 2 betreffend, ist gewiss nicht geheuchelt. Er ist ein Mensch, dem aufgrund seiner Machtfülle langsam aber sicher ein gesundes Maß flöten geht. Um sein Ziel, die Menschheit an die Spitze zu bringen, zu erreichen geht er über Leichen und etabliert immer drastischere Methoden. Und wenn man erstmal so viele Leichen im Keller hat, etabliert sich dann fast zwangsläufig eine geistige Verrohung und Verschiebung moralischer Grundsätze.
Für sein Ziel schien ihm Shepard ein geeignetes Werkzeug, dass vielleicht nicht ganz so gut funktionierte oder in ME 3 nicht ganz so gur funktionieren wird, wie er es gerne hätte.
Es wird immer noch sein Ziel sein die Reaper zu vernichten, nur möchte er der gefeierte Held sein, was seinen Plänen sehr zuträglich wäre. Eine/n Shepard als Held kann er nicht gebrauchen.
Ich denke auch, dass es weniger um irgendwelche Tech geht. Es geht ihm ausschließlich um die Ausdehnung seiner eigenen ganz persönlichen Machtfülle. Und das ist sein eigener, ganz persönlicher, Wahnsinn.